Vũ Văn Thái trên danh nghĩa làm theo ý của Văn Đế trong hầu hết các vấn đề, song quyền lực thực tế nằm trong tay Vũ Văn Thái. Trong suốt những năm đầu trị vì, có những nghi ngờ về việc liệu Tây Ngụy có thể tồn tại được hay không, do Đông Ngụy khi đó là một nhà nước lớn mạnh hơn nhiều, và Cao Hoan đã nhiều lần tiến hành chinh phạt Tây Ngụy. Tuy nhiên, với tài năng của Vũ Văn Thái cùng các tướng khác, Tây Ngụy đã có thể chống chịu được các cuộc tấn công của Cao Hoan.

Năm 535, Văn Đế truy thụy cho cha là Văn Cảnh Hoàng đế, và truy thụy cho Dương thị là Hoàng hậu. Ông lập chính thất làm hoàng hậu (Ất Phất hoàng hậu) và lập con trai của bà là Nguyên Khâm làm thái tử. Cuộc hôn nhân của ông với Ất Phất Hoàng hậu được thuật lại là đã diễn ra hạnh phúc, bà là người có đức hạnh và xinh đẹp, và Văn Đế rất tôn trọng bà. Hoàng hậu sinh cho ông 12 người con, song chỉ có Nguyên Khâm và Vũ Đô vương Nguyên Mậu (元戊) là còn sống đến tuổi trưởng thành.

Năm 538, Tây Ngụy bị đe dọa bởi cuộc tấn công của Nhu Nhiên, Vũ Văn Thái ban đầu đã cố gắng để làm giảm bớt căng thẳng bằng cách gả con gái của một thành viên trong hoàng tộc cho Uất Cửu Lư Tháp Hàn (郁久閭塔寒), em trai Sắc Liên Đầu Binh Đậu Phạt khả hãn Uất Cửu Lư A Na Côi của Nhu Nhiên, song sau đó lại cho rằng điều này vẫn chưa đủ, Vũ Văn Thái đã yêu cầu Văn Đế ly dị Ất Phất Hoàng hậu và lấy con gái của Uất Cử Lư A Na Côi. Văn Đế đồng ý, ông ly hôn với Ất Phất Hoàng hậu và bà trở thành một ni cô. Văn Đế sau đó kết hôn với con gái của khả hãn Nhu Nhiên và lập bà làm hoàng hậu. Điều này đã đem đến hòa bình với Nhu Nhiên trong một thời gian.

Cũng trong năm 538, Tây Ngụy tạm thời kiểm soát cố đô Lạc Dương của Bắc Ngụy, khi Lạc Dương bị tấn công, Văn Đế (muốn đến thăm lăng mộ tổ tiên tại Lạc Dương) và Vũ Văn Thái đã dẫn quân củng cố phòng thủ của Lạc Dương, để quan Chu Huệ Đạt (周惠達) và Thái tử ở lại Trường An. Tuy nhiên, khi giao chiến, Văn Đế cuối cùng lại bị mắc kẹt tại Hằng Nông (恆農, nay thuộc Tam Môn Hiệp, Hà Nam). Trong lúc đó, Trường An bị quân nổi loạn chiếm (quân nổi loạn là những cựu binh Đông Ngụy bị Tây Ngụy bắt giữ được trước đó) nên Chu Huệ Đạt và Thái tử cũng phải chạy trốn. Vũ Văn Thái cuối cùng đã có thể ngưng chiến sau khi từ bỏ Lạc Dương, ông đã đè bẹp cuộc nổi loạn, cho phép Văn Đế và Thái tử trở lại Trường An.

Mặc dù Ất Phất Hoàng hậu đã bị phế truất và trở thành một ni cô, Uất Cửu Lư Hoàng hậu vẫn không hài lòng về sự hiện diện của bà ở trong kinh thành. Do dó, năm 540, Văn Đế đã lệnh cho Nguyên Mậu nhậm chức thứ sử Tần Châu (秦州, nay gần tương ứng với Thiên Thủy, Cam Túc), và buộc phế hậu đi cùng con trai đến Tần Châu. Tuy nhiên, do vẫn hi vọng một ngày nào đó sẽ đón bà vào cung, ông đã bí mật bảo bà hãy giữ lại tóc thay vì cạo đi như những ni cô khác. Tuy nhiên, vào lúc này, Nhu Nhiên đã tiến hành một cuộc tấn công lớn vào Tây Ngụy, và nhiều bá quan nghĩ rằng cuộc tấn công nhân danh Uất Cửu Lư Hoàng hậu. Văn Đế đã buộc phải lệnh cho Uất Cửu Lư Hoàng hậu tự vẫn. Ngay sau đó, Uất Cửu Lư Hoàng hậu đã qua đời trong lúc sinh.

Năm 548, Vũ Văn Thái và Nguyên Khâm đang đi kinh lý các châu khi Văn Đế lâm bệnh, và khi họ hay tin, Vũ Văn Thái đã nhanh chóng trở về Lạc Dương, song Văn Đế đã phục hồi khi họ trở về.

Năm 549, Văn Đế ban hành một chiếu chỉ (có thể là theo yêu cầu của Vũ Văn Thái), lệnh rằng các những họ của người Tiên Ti đã cải sang họ Hán dưới thời Hiếu Văn Đế trị vì sẽ phải trở lại họ Tiên Ti gốc.

Năm 550, con trai của Cao Hoan là Cao Dương đã buộc Đông Ngụy Hiếu Tĩnh Đế phải nhường ngôi cho ông ta, chấm dứt triều đại Đông Ngụy và mở ra triều đại Bắc Tề. Văn Đế do đó trở thành người duy nhất tuyên bố là kế thừa ngai vàng Bắc Ngụy. Vũ Văn Thái tuyên bố Bắc Tề là một nhà nước nổi loạn và đã mở một chiến dịch tấn công lớn, song Cao Dương đã chỉ huy một đội quân lớn chống lại cuộc tấn công, và Tây Ngụy không những không đạt được gì mà còn để mất một số châu cho Bắc Tề.

Năm 551, Văn Đế qua đời và được tổ chức tang lễ theo nghi lễ dành cho hoàng đế cùng với Uất Cửu Lư Hoàng hậu, mặc dù cuối cùng Ất Phất Hoàng hậu được cải táng chôn cùng ông. (Không rõ bà đã được phục vị hoàng hậu hay chưa.) Nguyên Khâm lên kế vị (tức Phế Đế).